《財政部、國家稅務總局關于企業(yè)重組業(yè)務企業(yè)所得稅處理若干問題的通知》（財稅[2009]59號）第六條第二款規(guī)定：“股權收購，收購企業(yè)購買的股權不低于被收購企業(yè)全部股權的75%，且收購企業(yè)在該股權收購發(fā)生時的股權支付金額不低于其交易支付總額的85%，收購企業(yè)取得被收購企業(yè)股權的計稅基礎，以被收購股權的原有計稅基礎確定”。
筆者認為，特殊重組下，收購企業(yè)取得被收購企業(yè)股權的計稅基礎，應當以其公允價值為基礎確定。如果以被收購股權的原有計稅基礎確定，勢必造成特殊重組與一般重組的最終結果不一致，從而導致特殊重組多納企業(yè)所得稅。分析如下：
根據(jù)《財政部、國家稅務總局關于企業(yè)重組業(yè)務企業(yè)所得稅處理若干問題的通知》（財稅[2009]59號）對股權支付的定義，股權收購重組有兩種方式：
第一，以收購方本企業(yè)的股權作為對價收購目標公司（被收購方）的股權。這種重組方式從收購方的角度看，就是我們常說的發(fā)行股份、定向增發(fā)、接受投資。對轉讓方（被收購方的股東）來說，其實質(zhì)就是對外投資業(yè)務，即，以其持有的目標公司股權對收購方增資擴股。
例如，甲公司以本企業(yè)20％的股權（公允價6000萬元）作為對價，收購乙公司持有的M公司80％的股權（計稅基礎1000萬元，公允價值6000萬元）。按一般重組對待，乙公司應確認股權轉讓所得5000萬元（6000-1000）。乙公司取得甲公司20%股權的計稅基礎為6000萬元。甲公司取得M公司80％的股權（屬于接受投資的非貨幣性資產(chǎn)）應按公允價值6000萬元作為計稅基礎。
由于上述股權收購業(yè)務符合特殊重組條件，乙公司可暫不確認股權轉讓所得，相應地，乙公司取得甲公司股權的計稅基礎應以被收購股權的原有計稅基礎1000萬元確定。根據(jù)《財政部、國家稅務總局關于企業(yè)重組業(yè)務企業(yè)所得稅處理若干問題的通知》（財稅[2009]59號）規(guī)定，甲公司取得M公司80％的股權也應以被收購股權的原有計稅基礎1000萬元確定，顯然，違背了改組稅收政策的中性原則。乙公司的納稅義務不變，只不過納稅義務得到遞延，而甲公司選擇特殊重組反而將取得股權的計稅基礎由6000萬元變?yōu)?000萬元，未來轉讓或處置股權時必然會多納企業(yè)所得稅。
第二，收購方以其控股公司的股權作為對價收購目標公司的股權，其實質(zhì)是股權置換行為，即收購方用控股公司的全部或部分股權與轉讓方持有的目標公司的股權相交換。
例如，甲公司以其持有的M公司85％的股權（計稅基礎1000萬元，公允價值6000萬元）作為對價，收購乙公司持有的N公司80％的股權（計稅基礎5500萬元，公允價值6000萬元）。因符合特殊重組條件，乙公司暫不確認股權轉讓所得，乙公司取得M公司股權的計稅基礎按5500萬元確定。根據(jù)《財政部、國家稅務總局關于企業(yè)重組業(yè)務企業(yè)所得稅處理若干問題的通知》（財稅[2009]59號）的規(guī)定，甲公司取得N公司股權的計稅基礎也應以被收購股權的原有計稅基礎5500萬元確定。
如果以乙公司作為收購方，甲公司作為被收購方，就會得到相反的結果。甲公司不確認股權轉讓所得，甲公司取得N公司股權的計稅基礎按照1000萬元確定，根據(jù)《財政部、國家稅務總局關于企業(yè)重組業(yè)務企業(yè)所得稅處理若干問題的通知》（財稅[2009]59號）的規(guī)定，乙公司取得M公司股權的計稅基礎按照被收購股權（M公司85%）的原有計稅基礎1000萬元確定。
同一個案例，從不同的角度居然出現(xiàn)兩個完全不同的結果，顯然不合理。在股權置換適用特殊重組政策時，股權置換的雙方取得股權的計稅基礎只能以換出股權的計稅基礎替代，才不至于導致特殊重組與一般重組產(chǎn)生的結果不一致。
評論：在2012年度企業(yè)所得稅匯算清繳中，企業(yè)要經(jīng)過關隘、規(guī)程、溝通三個關鍵點，統(tǒng)籌布控要害才能掌控全局，在國家精準打擊不遵從稅法行為，強化依法征管保稅收的大背景下，企業(yè)依法規(guī)范報備、審批，完善申報流程，及做好納稅差異調(diào)整，嚴格守法才能創(chuàng)造財務收益。面對稽查，講求事先對稅企爭議問題的依法有效溝通，作用必大于企業(yè)單方面的被動防范。
