企業(yè)所得稅法規(guī)定，通過支付現(xiàn)金方式取得的投資資產(chǎn)，以購買價款為計稅基礎(chǔ)。因此，當長期股權(quán)投資的初始投資成本，小于投資時應(yīng)享受被投資單位可辨認凈資產(chǎn)公允價值份額而計入當期損益的部分，稅法不予認可，應(yīng)進行納稅調(diào)減。
正確處理股權(quán)轉(zhuǎn)讓方的個人所得稅
甲公司從熊先生處收購了某公司股權(quán)，收購價格1億元，同時合同約定甲公司為熊先生負擔股權(quán)轉(zhuǎn)讓所得的個人所得稅。熊先生股權(quán)的投資成本為0.4億元，甲公司據(jù)此計算熊先生應(yīng)負擔的個人所得稅為（1-0.4）×20%=0.12億元。甲公司將0.12億元計入管理費用。
甲公司為熊先生計算的個人所得稅稅款是錯誤的。由于熊先生取得轉(zhuǎn)讓款為稅后價，在計算應(yīng)納稅額時，應(yīng)將不含稅價換算成含稅價。換算公式為X-（X-0.4）×20%=1，求出含稅轉(zhuǎn)讓款為1.15億元。因此，甲公司應(yīng)代扣代繳的個稅為（1.15-0.4）×20%=0.15億元。
企業(yè)為合同交易方負擔稅款能否稅前扣除，稅法沒有明確規(guī)定，實務(wù)中多數(shù)稅務(wù)機關(guān)認為，為轉(zhuǎn)讓方負擔的稅金與企業(yè)生產(chǎn)經(jīng)營無關(guān)，不允許稅前列支。甲公司將所負擔的個人所得稅直接列支為當期損益存在巨大稅務(wù)風險。因此，涉稅中介機構(gòu)可以建議企業(yè)與股權(quán)轉(zhuǎn)讓方重新簽訂合同，將合同價款約定為1.15億元，甲公司代扣代繳個人所得稅0.15億元后，將1億元支付給熊先生。這樣可以規(guī)避稅收風險。
債務(wù)剝離式股權(quán)收購隱藏捐贈風險
甲公司收購李先生持有的A公司股權(quán)，A公司凈資產(chǎn)評估價3億元。合同約定，由甲公司支付李先生股權(quán)轉(zhuǎn)讓款4億元，該款項包括甲公司支付給李先生剝離債務(wù)款項1億元，以及向李先生支付的全部股權(quán)轉(zhuǎn)讓款3億元。合同簽訂后，李先生代A公司償還債務(wù)1億元。
由于A公司無需再償還1億元的負債，因此，該款項可能被稅務(wù)局認定為老股東對A公司的捐贈，而要求A公司按接受捐贈所得繳納企業(yè)所得稅。
涉稅中介機構(gòu)可建議甲公司修改與李先生的股權(quán)轉(zhuǎn)讓合同，將股權(quán)轉(zhuǎn)讓款修改為3億元。甲公司、A公司、李先生簽訂三方協(xié)議，甲公司為A公司償還1億元債務(wù)，該債務(wù)由李先生代為履行。這樣處理后，就不涉及捐贈問題。
無償接受股權(quán)隱含巨大稅收風險
甲公司無償接收其集團母公司劃轉(zhuǎn)的持有A公司的100%股權(quán)，A公司賬面凈資產(chǎn)為1億元，評估價為3億元。
企業(yè)所得稅法實施條例的規(guī)定，接受捐贈收入，是指企業(yè)接受的來自其他企業(yè)、組織或者個人無償給予的貨幣性資產(chǎn)、非貨幣性資產(chǎn)。接受捐贈收入，按照實際收到捐贈資產(chǎn)的日期確認收入的實現(xiàn)。因此，甲公司應(yīng)將3億元進行納稅調(diào)增，繳納企業(yè)所得稅。
關(guān)聯(lián)企業(yè)間的無償劃轉(zhuǎn)隱含著巨大的稅收風險。除了劃入方要作為接受捐贈所得繳納企業(yè)所得稅，劃出方還要視同銷售繳納企業(yè)所得稅，另外，由于關(guān)聯(lián)企業(yè)間的無償劃轉(zhuǎn)不屬于公益性捐贈，則劃出方的視同銷售成本也無法在稅前扣除。因此，關(guān)聯(lián)企業(yè)應(yīng)避免無償劃轉(zhuǎn)。
正確處理債轉(zhuǎn)股的稅務(wù)和會計差異
乙公司拖欠甲公司貨款1億元，2012年，甲公司將乙公司訴訟至法院，通過法庭調(diào)解，甲乙公司達成和解協(xié)議，甲公司將擁有的對乙公司的1億元債權(quán)轉(zhuǎn)成對乙公司0.9億元的投資。
按稅法有關(guān)規(guī)定，對于債轉(zhuǎn)股業(yè)務(wù)，納稅人可以選擇特殊性重組和一般性重組。如選擇特殊重組，則對債務(wù)清償和股權(quán)投資兩項業(yè)務(wù)暫不確認有關(guān)債務(wù)清償所得或損失，股權(quán)投資的計稅基礎(chǔ)以原債權(quán)的計稅基礎(chǔ)確定。企業(yè)的其他相關(guān)所得稅事項保持不變。因此，如乙公司到稅務(wù)機關(guān)作特殊重組備案，則甲公司0.1億元投資損失不允許稅前扣除。乙公司0.1億元重組收益無需確認所得。同時，甲公司持有乙公司股權(quán)的計稅基礎(chǔ)為1億元。
在債轉(zhuǎn)股特殊性稅務(wù)處理中，甲公司長期股權(quán)投資的計稅基礎(chǔ)為1億元，而會計成本為0.9億元，該事項將形成稅會差異，由于現(xiàn)行的納稅申報表中無法體現(xiàn)甲公司持有乙公司長期股權(quán)投資的計稅基礎(chǔ)，因此中介機構(gòu)應(yīng)建議企業(yè)對該事項在納稅申報表后附注，以便甲公司未來轉(zhuǎn)讓乙公司股權(quán)時，能正確計算股權(quán)轉(zhuǎn)讓所得。
