假設(shè)2017年度甲企業(yè)全部應(yīng)納稅所得額1000萬元，甲企業(yè)總分機(jī)構(gòu)應(yīng)納稅額計(jì)算如下（假設(shè)不考慮已預(yù)繳稅款）：
①分支機(jī)構(gòu)A分?jǐn)偙壤?（400／1000）×0.35 （100／250）×0.35 （1000／3000）×0.30=38%；
分支機(jī)構(gòu)B分?jǐn)偙壤?（600／1000）×0.35 （150／250）×0.35 （2000／3000）×0.30=62%；
②總機(jī)構(gòu)應(yīng)納稅所得額=1000×50%=500萬元；
分支機(jī)構(gòu)A應(yīng)納稅所得額=1000×50%×38%=190萬元；
分支機(jī)構(gòu)B應(yīng)納稅所得額=1000×50%×62%=310萬元。
③總機(jī)構(gòu)應(yīng)納所得稅額=500×25%=125萬元，其中：
分支機(jī)構(gòu)A應(yīng)納所得稅額=190×15%=28.5萬元；
分支機(jī)構(gòu)B應(yīng)納所得稅額=310×25%=77.5萬元；
合計(jì)應(yīng)納所得稅=125 28.5 77.5=231萬元。
④再分配：
總機(jī)構(gòu)應(yīng)納所得稅額=231×50%=115.5萬元；
分支機(jī)構(gòu)A應(yīng)納所得稅額=231×50%×38%=43.89萬元；
分支機(jī)構(gòu)B應(yīng)納所得稅額=231×50%×62%=71.61萬元。
（三）稅款預(yù)繳
匯總納稅企業(yè)根據(jù)當(dāng)期實(shí)際利潤額，按照上述分?jǐn)偡椒ㄓ?jì)算總機(jī)構(gòu)和分支機(jī)構(gòu)的企業(yè)所得稅預(yù)繳額，分別由總機(jī)構(gòu)和分支機(jī)構(gòu)就地預(yù)繳；在規(guī)定期限內(nèi)按實(shí)際利潤額預(yù)繳有困難的，也可以按照上一年度應(yīng)納稅所得額的1/12或1/4，按照上述分?jǐn)偡椒ㄓ?jì)算總機(jī)構(gòu)和分支機(jī)構(gòu)的企業(yè)所得稅預(yù)繳額，分別由總機(jī)構(gòu)和分支機(jī)構(gòu)就地預(yù)繳。預(yù)繳方法一經(jīng)確定，當(dāng)年度不得變更。
（四）匯總清算
匯總納稅企業(yè)應(yīng)當(dāng)自年度終了之日起5個(gè)月內(nèi)，由總機(jī)構(gòu)匯總計(jì)算企業(yè)年度應(yīng)納所得稅額，扣除總機(jī)構(gòu)和各分支機(jī)構(gòu)已預(yù)繳的稅款，計(jì)算出應(yīng)繳應(yīng)退稅款，按照上述分?jǐn)偡椒ㄓ?jì)算總機(jī)構(gòu)和分支機(jī)構(gòu)的企業(yè)所得稅應(yīng)繳應(yīng)退稅款，分別由總機(jī)構(gòu)和分支機(jī)構(gòu)就地辦理稅款繳庫或退庫。
匯總納稅企業(yè)如果存在境外所得需要補(bǔ)繳企業(yè)所得稅的，境外所得補(bǔ)繳的所得稅直接在總機(jī)構(gòu)繳納，不參與分?jǐn)傆?jì)算。
（五）資產(chǎn)損失申報(bào)扣除
匯總納稅企業(yè)發(fā)生的資產(chǎn)損失，應(yīng)按以下規(guī)定申報(bào)扣除：
1.總機(jī)構(gòu)及二級(jí)分支機(jī)構(gòu)發(fā)生的資產(chǎn)損失，除應(yīng)按專項(xiàng)申報(bào)和清單申報(bào)的有關(guān)規(guī)定各自向所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)申報(bào)外，二級(jí)分支機(jī)構(gòu)還應(yīng)同時(shí)上報(bào)總機(jī)構(gòu)；三級(jí)及以下分支機(jī)構(gòu)發(fā)生的資產(chǎn)損失不需向所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)申報(bào)，應(yīng)并入二級(jí)分支機(jī)構(gòu)，由二級(jí)分支機(jī)構(gòu)統(tǒng)一申報(bào)。
2.總機(jī)構(gòu)對(duì)各分支機(jī)構(gòu)上報(bào)的資產(chǎn)損失，除稅務(wù)機(jī)關(guān)另有規(guī)定外，應(yīng)以清單申報(bào)的形式向所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)申報(bào)。
3.總機(jī)構(gòu)將分支機(jī)構(gòu)所屬資產(chǎn)捆綁打包轉(zhuǎn)讓所發(fā)生的資產(chǎn)損失，由總機(jī)構(gòu)向所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)專項(xiàng)申報(bào)。
（六）跨地區(qū)建筑項(xiàng)目部
建筑企業(yè)總機(jī)構(gòu)直接管理的跨地區(qū)設(shè)立的項(xiàng)目部，應(yīng)按項(xiàng)目實(shí)際經(jīng)營收入的0.2%按月或按季由總機(jī)構(gòu)向項(xiàng)目所在地預(yù)分企業(yè)所得稅，并由項(xiàng)目部向所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)預(yù)繳。
二、申報(bào)表填報(bào)要點(diǎn)
匯總納稅企業(yè)預(yù)繳申報(bào)時(shí)，總機(jī)構(gòu)報(bào)送企業(yè)所得稅預(yù)繳申報(bào)表、企業(yè)當(dāng)期財(cái)務(wù)報(bào)表、匯總納稅企業(yè)分支機(jī)構(gòu)所得稅分配表和各分支機(jī)構(gòu)上一年度的年度財(cái)務(wù)報(bào)表（或年度財(cái)務(wù)狀況和營業(yè)收支情況）；分支機(jī)構(gòu)報(bào)送企業(yè)所得稅預(yù)繳申報(bào)表（填列第30行“分支機(jī)構(gòu)分?jǐn)偹枚愵~”、第32行“分支機(jī)構(gòu)--分配比例”、第33行“分支機(jī)構(gòu)--分配所得稅額”），經(jīng)總機(jī)構(gòu)所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)受理的匯總納稅企業(yè)分支機(jī)構(gòu)所得稅分配表。
匯算清繳時(shí)，總機(jī)構(gòu)報(bào)送企業(yè)所得稅年度納稅申報(bào)表、年度財(cái)務(wù)報(bào)表、匯總納稅企業(yè)分支機(jī)構(gòu)所得稅分配表、各分支機(jī)構(gòu)的年度財(cái)務(wù)報(bào)表、各分支機(jī)構(gòu)參與企業(yè)年度納稅調(diào)整情況的說明；分支機(jī)構(gòu)報(bào)送企業(yè)所得稅預(yù)繳申報(bào)表（進(jìn)行年度申報(bào)）、經(jīng)總機(jī)構(gòu)所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)受理的匯總納稅企業(yè)分支機(jī)構(gòu)所得稅分配表、分支機(jī)構(gòu)的年度財(cái)務(wù)報(bào)表（或年度財(cái)務(wù)狀況和營業(yè)收支情況）、分支機(jī)構(gòu)參與企業(yè)年度納稅調(diào)整情況的說明。
在年度匯算清繳時(shí)，總機(jī)構(gòu)主要關(guān)注A109000《跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)年度分?jǐn)偲髽I(yè)所得稅明細(xì)表》、A109010《企業(yè)所得稅匯總納稅分支機(jī)構(gòu)所得稅分配表》，關(guān)注以下行次：
1.A109010表“總機(jī)構(gòu)分?jǐn)偹枚愵~”：對(duì)于跨?。ㄗ灾螀^(qū)、直轄市、計(jì)劃單列市）經(jīng)營匯總納稅企業(yè)，填報(bào)企業(yè)本年應(yīng)補(bǔ)（退）所得稅額×25%后的金額；對(duì)于同一省（自治區(qū)、直轄市、計(jì)劃單列市）內(nèi)跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)，填報(bào)企業(yè)本年應(yīng)補(bǔ)（退）所得稅額×規(guī)定比例后的金額。
2.A109010表“總機(jī)構(gòu)財(cái)政集中分配所得稅額”：對(duì)于跨?。ㄗ灾螀^(qū)、直轄市、計(jì)劃單列市）經(jīng)營匯總納稅企業(yè)，填報(bào)企業(yè)本年應(yīng)補(bǔ)（退）所得稅額×25%后的金額；對(duì)于同一省（自治區(qū)、直轄市、計(jì)劃單列市）內(nèi)跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)，填報(bào)企業(yè)本年應(yīng)補(bǔ)（退）所得稅額×規(guī)定比例后的金額。
3.A109010表“分支機(jī)構(gòu)分?jǐn)偹枚愵~”：對(duì)于跨?。ㄗ灾螀^(qū)、直轄市、計(jì)劃單列市）經(jīng)營匯總納稅企業(yè)，填報(bào)企業(yè)本年應(yīng)補(bǔ)（退）的所得稅額×50%后的金額；對(duì)于同一?。ㄗ灾螀^(qū)、直轄市、計(jì)劃單列市）內(nèi)跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)，填報(bào)企業(yè)本年應(yīng)補(bǔ)（退）所得稅額×規(guī)定比例后的金額。
三、示例
甲企業(yè)在異地省份設(shè)有分支機(jī)構(gòu)B，總機(jī)構(gòu)、分支機(jī)構(gòu)B企業(yè)所得稅稅率均為25%，甲企業(yè)生產(chǎn)經(jīng)營職能的部門的營業(yè)收入、職工薪酬和資產(chǎn)總額與管理職能部門分開核算，可視為一個(gè)獨(dú)立的二級(jí)分支機(jī)構(gòu)（以下稱總機(jī)構(gòu)主體生產(chǎn)經(jīng)營部門），甲公司2017年度經(jīng)納稅調(diào)整后應(yīng)納稅所得額為3000萬元，經(jīng)計(jì)算，總機(jī)構(gòu)主體生產(chǎn)經(jīng)營部門分配比例為45%，分支機(jī)構(gòu)B分配比例為55%。已知，總機(jī)構(gòu)2017年度已分?jǐn)傤A(yù)繳企業(yè)所得稅391.5萬元（含總機(jī)構(gòu)主體生產(chǎn)經(jīng)營部門121.5萬元），分支機(jī)構(gòu)B已分?jǐn)傤A(yù)繳企業(yè)所得稅148.5萬元。假設(shè)甲企業(yè)2017年度無境外所得，總分機(jī)構(gòu)應(yīng)納稅額計(jì)算及申報(bào)表填報(bào)如下：
（一）計(jì)算過程
1.甲企業(yè)匯總納稅應(yīng)納所得稅額=3000×25%=750萬元；
2.甲企業(yè)應(yīng)補(bǔ)繳企業(yè)所得稅額=750-270-121.5-148.5=210萬元。
3.總機(jī)構(gòu)分?jǐn)偹枚愵~＝210×25%=52.5萬元；
總機(jī)構(gòu)財(cái)政集中分配所得稅額＝210×25%=52.5萬元；
4.分支機(jī)構(gòu)分?jǐn)偹枚愵~＝210×50%=105萬元，其中：
總機(jī)構(gòu)主體生產(chǎn)經(jīng)營部門分?jǐn)偹枚愵~＝105×45%=47.25萬元；
分支機(jī)構(gòu)B分?jǐn)偹枚愵~＝105×55%=57.75萬元。
5.總機(jī)構(gòu)本年應(yīng)補(bǔ)（退）所得稅額=總機(jī)構(gòu)應(yīng)分?jǐn)偹枚?總機(jī)構(gòu)財(cái)政集中分?jǐn)偹枚?總機(jī)構(gòu)主體生產(chǎn)經(jīng)營部門分?jǐn)偹枚?52.5 52.5 47.25=152.25萬元。
（二）申報(bào)表填報(bào)
A109000表
A109010表
