由于這一政策本身的原因，導(dǎo)致一些地方的普通住宅和非普通住宅認定難，進行土地增值稅清算很難操作。即使是地稅機關(guān)嚴(yán)格執(zhí)行土地增值稅的預(yù)征管理，先預(yù)征稅款，但相當(dāng)一部分房地產(chǎn)開發(fā)項目在最終決算時，增值額占扣除項目金額的比例不超過20%，那么地稅機關(guān)面臨先預(yù)征后退稅的尷尬境地。另外，土地增值稅預(yù)征率太低。陜西省現(xiàn)行政策規(guī)定，對位于縣城地域的普通住宅按0.5%預(yù)征土地增值稅，非普通住宅按1%預(yù)征，營業(yè)性用房、別墅、寫字樓按2%預(yù)征，與房地產(chǎn)開發(fā)商應(yīng)該承擔(dān)的稅負相差太大。
針對土地增值稅管理中存在的問題，筆者建議完善土地增值稅政策。對普通住宅的認定標(biāo)準(zhǔn)進行修改，將普通住宅認定標(biāo)準(zhǔn)“住宅小區(qū)建筑容積率在1.0以上，單套建筑面積在144平方米以下，實際成交價格低于同級別土地上住房平均交易價格1.44倍以下”，修改為“住宅小區(qū)建筑容積率在1.0以上，單套建筑面積在144平方米以下，實際成交價格比同級別土地上同期同類住房交易市場價格低20%以上”。
提高土地增值稅的預(yù)征率。建議由各省、市地稅機關(guān)在調(diào)查測算的基礎(chǔ)上，統(tǒng)一并且提高土地增值稅預(yù)征率，做到一個市或一個省對土地增值稅預(yù)征率的統(tǒng)一。全省或全市對房地產(chǎn)不同項目類型，確定不同的預(yù)征率，可對普通住宅項目執(zhí)行2%的預(yù)征率，對非普通住宅項目可執(zhí)行4%的預(yù)征率，對別墅、寫字樓、商業(yè)用房項目可執(zhí)行6%的預(yù)征率。
改變現(xiàn)行土地增值稅先預(yù)征后清算的管理方式，實行定率征收。筆者建議，在現(xiàn)行土地增值稅政策暫不能修改完善的情況下，由各省、市地稅機關(guān)，改變現(xiàn)行的土地增值稅“先預(yù)征后清算”的管理方式。根據(jù)目前房地產(chǎn)市場行情，調(diào)查測算出不同類型的房地產(chǎn)開發(fā)項目應(yīng)承擔(dān)的土地增值稅稅負水平，按照房地產(chǎn)企業(yè)的預(yù)（銷）售收入，對土地增值稅實行定率征收，一次征收到位，不再進行土地增值稅清算。此舉既操作簡單，又便于管理，土地增值稅也能征收到位。依據(jù)筆者的初步測算結(jié)果，建議對多層（8層以下）商品住宅（不再認定普通住宅和非普通住宅）執(zhí)行5%的土地增值稅征收率，對高層（含小高層、高層）商品住宅（不再認定普通住宅和非普通住宅）執(zhí)行10%的土地增值稅征收率，對別墅、寫字樓、營業(yè)性用房執(zhí)行20%的土地增值稅征收率。
