這里存在3種情況：
（一）應(yīng)允許調(diào)增的應(yīng)納稅所得額彌補(bǔ)該虧損后，仍然存在可彌補(bǔ)虧損，不存在補(bǔ)稅問(wèn)題，但應(yīng)調(diào)減可彌補(bǔ)虧損額。例如，假設(shè)上述企業(yè)2009年度的納稅申報(bào)表中，企業(yè)自己申報(bào)的是虧損200萬(wàn)元，2010年應(yīng)納稅所得50萬(wàn)元，彌補(bǔ)以前年度虧損50萬(wàn)元，累計(jì)可結(jié)轉(zhuǎn)以后年度彌補(bǔ)的虧損額150萬(wàn)元。2012年經(jīng)稅務(wù)稽查應(yīng)調(diào)增2011年度應(yīng)納稅所得100萬(wàn)元。經(jīng)調(diào)整后結(jié)轉(zhuǎn)以后年度的彌補(bǔ)的虧損額50萬(wàn)元，該企業(yè)就不存在補(bǔ)稅處理的問(wèn)題。
（二）應(yīng)允許調(diào)增的應(yīng)納稅所得額彌補(bǔ)該虧損后，有盈余的，還應(yīng)就調(diào)整后的應(yīng)納稅所得按適用稅率補(bǔ)繳企業(yè)所得稅。例如，假設(shè)企業(yè)2009年度的納稅申報(bào)表中，企業(yè)自己申報(bào)的是虧損100萬(wàn)元，2009年應(yīng)納稅所得50萬(wàn)元，彌補(bǔ)以前年度虧損50萬(wàn)元，累計(jì)可結(jié)轉(zhuǎn)以后年度彌補(bǔ)的虧損額50萬(wàn)元。2012年經(jīng)稅務(wù)稽查應(yīng)調(diào)增2011年度應(yīng)納稅所得100萬(wàn)元。經(jīng)調(diào)整后發(fā)生盈余50萬(wàn)元，這50萬(wàn)元應(yīng)按適用稅率補(bǔ)稅。
（三）查增的所得額不允許向后彌補(bǔ)。假如上述企業(yè)2012年虧損40萬(wàn)元，2011年查增的所得額彌補(bǔ)以前年度虧損后尚余50萬(wàn)元，不得用于彌補(bǔ)2012年的虧損，即稅務(wù)機(jī)關(guān)檢查增加的應(yīng)納稅所得額不得彌補(bǔ)檢查所屬年度以后年度的虧損。
第20號(hào)公告第一條規(guī)定對(duì)檢查調(diào)增的應(yīng)納稅所得額應(yīng)根據(jù)其情節(jié)，依照稅收征管法有關(guān)規(guī)定進(jìn)行處理或處罰。但對(duì)于具體應(yīng)該如何處罰，第20號(hào)公告沒(méi)有明確。對(duì)于企業(yè)故意虛報(bào)虧損，稅收征管法第六十三條、第六十四條涉及相關(guān)規(guī)定，具體如何處罰，要看納稅人違反稅法的行為和當(dāng)?shù)囟悇?wù)機(jī)關(guān)的意見(jiàn)，納稅人切不可掉以輕心。
另外，還要提醒納稅人，查補(bǔ)收入可以作為計(jì)提業(yè)務(wù)招待費(fèi)、廣告費(fèi)和業(yè)務(wù)宣傳費(fèi)的基數(shù)。例如，某企業(yè)2011年納稅申報(bào)營(yíng)業(yè)收入為1500萬(wàn)元，當(dāng)年發(fā)生廣告費(fèi)240萬(wàn)元，廣告宣傳費(fèi)扣除比例為15%，當(dāng)年廣告和業(yè)務(wù)宣傳費(fèi)應(yīng)調(diào)增應(yīng)納稅所得額15萬(wàn)元（240-1500×15%）。2012年7月稅務(wù)機(jī)關(guān)稽查時(shí)發(fā)現(xiàn)，該企業(yè)2011年自產(chǎn)貨物用于職工福利，且未作收入處理，少計(jì)銷(xiāo)售收入800萬(wàn)元，少計(jì)成本500萬(wàn)元，因此該項(xiàng)視同銷(xiāo)售應(yīng)調(diào)增應(yīng)納稅所得額300萬(wàn)元（800-500）。該公司查補(bǔ)的收入可以作為計(jì)提業(yè)務(wù)招待費(fèi)、廣告費(fèi)和業(yè)務(wù)宣傳費(fèi)的基數(shù)，因此該公司2011年計(jì)提業(yè)務(wù)招待費(fèi)、廣告費(fèi)和業(yè)務(wù)宣傳費(fèi)基數(shù)為2300萬(wàn)元（1500 800），可計(jì)提廣告和業(yè)務(wù)宣傳費(fèi)2300×15%=345（萬(wàn)元），即2011年企業(yè)發(fā)生的240萬(wàn)元的廣告和業(yè)務(wù)宣傳費(fèi)全部可在稅前扣除。該公司2011年應(yīng)調(diào)增應(yīng)納稅所得額285萬(wàn)元（300-15）。
