一、出口貨物退（免）稅認(rèn)定時(shí)限不同
生產(chǎn)企業(yè)應(yīng)當(dāng)自辦理對(duì)外貿(mào)易經(jīng)營(yíng)者備案登記或代理出口協(xié)議簽訂之日起30日內(nèi)到所在地稅務(wù)機(jī)關(guān)辦理出口貨物退（免）稅認(rèn)定手續(xù)。
應(yīng)稅服務(wù)提供者在申報(bào)辦理免抵退稅前，應(yīng)向主管稅務(wù)機(jī)關(guān)辦理出口退（免）稅認(rèn)定。
二、出口貨物退（免）稅認(rèn)定提供的資料不同
（一）生產(chǎn)企業(yè)出口貨物退（免）稅認(rèn)定應(yīng)當(dāng)提供下列資料：
1、需出示《稅務(wù)登記證》（副本）
2、需提供的資料：已辦理備案登記并加蓋備案登記專用章的《對(duì)外貿(mào)易經(jīng)營(yíng)者備案登記表》原件及復(fù)印件，沒有出口經(jīng)營(yíng)資格的生產(chǎn)企業(yè)委托出口貨物的提供代理出口協(xié)議原件及復(fù)印件；海關(guān)自理報(bào)關(guān)單位注冊(cè)登記證明書原件及復(fù)印件（無進(jìn)出口經(jīng)營(yíng)資格的生產(chǎn)企業(yè)委托出口貨物的不需提供）；外商投資企業(yè)提供《中華人民共和國(guó)外商投資企業(yè)批準(zhǔn)證書》原件和復(fù)印件；特準(zhǔn)退（免）稅的單位和人員還須提供現(xiàn)行有關(guān)出口貨物退（免）稅規(guī)定要求的其他相關(guān)憑證。
（二）應(yīng)稅服務(wù)提供者辦理出口退（免）稅認(rèn)定時(shí)，應(yīng)提供以下資料：
（1）銀行開戶許可證；
（2）從事水路國(guó)際運(yùn)輸?shù)膽?yīng)提供《國(guó)際船舶運(yùn)輸經(jīng)營(yíng)許可證》；從事航空國(guó)際運(yùn)輸?shù)膽?yīng)提供《公共航空運(yùn)輸企業(yè)經(jīng)營(yíng)許可證》，且其經(jīng)營(yíng)范圍應(yīng)包括“國(guó)際航空客貨郵運(yùn)輸業(yè)務(wù)”；從事陸路國(guó)際運(yùn)輸?shù)膽?yīng)提供《道路運(yùn)輸經(jīng)營(yíng)許可證》和《國(guó)際汽車運(yùn)輸行車許可證》，且《道路運(yùn)輸經(jīng)營(yíng)許可證》的經(jīng)營(yíng)范圍應(yīng)包括“國(guó)際運(yùn)輸”；從事對(duì)外提供研發(fā)設(shè)計(jì)服務(wù)的應(yīng)提供《技術(shù)出口合同登記證》。
三、適用免抵退稅的企業(yè)范圍不同
出口貨物適用免抵退稅的企業(yè)范圍僅限于具有增值稅一般納稅人資格而且具有實(shí)際生產(chǎn)能力的生產(chǎn)企業(yè)和生產(chǎn)性企業(yè)集團(tuán)公司。
應(yīng)稅服務(wù)提供者不僅要具有增值稅一般納稅人資格，而且還必須提供適用零稅率的應(yīng)稅服務(wù)，即提供國(guó)際運(yùn)輸服務(wù)、向境外單位提供的研發(fā)服務(wù)和設(shè)計(jì)服務(wù)。
需要說明的是，在營(yíng)業(yè)稅改征增值稅的試點(diǎn)地區(qū)的具有增值稅一般納稅人資格的生產(chǎn)企業(yè)和生產(chǎn)性企業(yè)集團(tuán)公司，其出口貨物仍然依照生產(chǎn)企業(yè)出口貨物免抵退稅進(jìn)行管理。
四、適用免抵退稅的出口范圍不同
生產(chǎn)企業(yè)貨物出口到規(guī)定的海關(guān)特殊監(jiān)管區(qū)（不含一般保稅區(qū)），適用免抵退稅辦法。
應(yīng)稅服務(wù)提供者從境內(nèi)載運(yùn)旅客或貨物至國(guó)內(nèi)海關(guān)特殊監(jiān)管區(qū)域及場(chǎng)所、從國(guó)內(nèi)海關(guān)特殊監(jiān)管區(qū)域及場(chǎng)所載運(yùn)旅客或貨物至國(guó)內(nèi)其他地區(qū)以及在國(guó)內(nèi)海關(guān)特殊監(jiān)管區(qū)域內(nèi)載運(yùn)旅客或貨物，不屬于國(guó)際運(yùn)輸服務(wù)。
應(yīng)稅服務(wù)提供者向國(guó)內(nèi)海關(guān)特殊監(jiān)管區(qū)域內(nèi)單位提供研發(fā)服務(wù)、設(shè)計(jì)服務(wù)不實(shí)行免抵退稅辦法，應(yīng)按規(guī)定征收增值稅。
五、免抵退稅額的計(jì)算依據(jù)不同
生產(chǎn)企業(yè)出口貨物是按照出口貨物報(bào)關(guān)出口的離岸價(jià)格計(jì)算免抵退稅額，出口貨物的運(yùn)保傭等FOB價(jià)外收取的其他費(fèi)用，不得作為計(jì)算依據(jù)計(jì)算免抵退稅額。
應(yīng)稅服務(wù)是按照提供零稅率應(yīng)稅服務(wù)取得的全部?jī)r(jià)款扣除支付給非試點(diǎn)納稅人價(jià)款后的余額計(jì)算免抵退稅額，提供應(yīng)稅服務(wù)取得的價(jià)款和其他價(jià)外費(fèi)用全部作為計(jì)算依據(jù)計(jì)算免抵退稅額，當(dāng)然支付給非試點(diǎn)地區(qū)納稅人的價(jià)款，應(yīng)當(dāng)從全部?jī)r(jià)款中扣除后的余額作為計(jì)算免抵退稅額的依據(jù)。
六、計(jì)算免抵退稅額適用的出口退稅率不同
生產(chǎn)企業(yè)出口貨物計(jì)算免抵退稅額的退稅率是出口貨物商品編碼對(duì)應(yīng)的出口退稅率，是按國(guó)家稅務(wù)總局下發(fā)的出口退稅率文庫來執(zhí)行的。
應(yīng)稅服務(wù)計(jì)算免抵退稅額的退稅率是其在境內(nèi)提供對(duì)應(yīng)服務(wù)的增值稅稅率，即國(guó)際運(yùn)輸適用11%的退稅率，研發(fā)服務(wù)和設(shè)計(jì)服務(wù)適用6%的退稅率。
七、免抵退稅不得免征和抵扣稅額計(jì)算不同
生產(chǎn)企業(yè)出口貨物往往由于征退稅率存在差異，因而生產(chǎn)企業(yè)出口貨物征退稅率之差部分要計(jì)算免抵退稅不得免征和抵扣稅額。
應(yīng)稅服務(wù)由于征退稅率完全相同，因而不存在征退稅率之差，從而也不需要計(jì)算免抵退稅不得免征和抵扣稅額。
八、免抵退稅額的計(jì)算時(shí)間不同
生產(chǎn)企業(yè)出口貨物必須要在規(guī)定的免抵退稅申報(bào)單證信息齊全的條件下，才能計(jì)算申報(bào)辦理免抵退稅額。
應(yīng)稅服務(wù)的免抵退稅，由于不需要出口貨物報(bào)關(guān)單和收匯核銷單及其相關(guān)信息，因而只要申報(bào)憑證收齊就能計(jì)算申報(bào)辦理免抵退稅額。
九、免抵退稅額抵減額和免抵退稅不得免征和抵扣稅額抵減額計(jì)算不同
生產(chǎn)企業(yè)出口貨物采取進(jìn)料加工貿(mào)易方式使用保稅進(jìn)口料件的，應(yīng)當(dāng)分別計(jì)算免抵退稅額抵減額和免抵退稅不得免征和抵扣稅額抵減額，在抵減的基礎(chǔ)上分別計(jì)算免抵退稅額和免抵退稅不得免征和抵扣稅額抵減額。
應(yīng)稅服務(wù)提供者由于不能采取進(jìn)料加工貿(mào)易方式，因而不能計(jì)算免抵退稅額抵減額。
十、免抵退稅申報(bào)期限不同
生產(chǎn)企業(yè)應(yīng)當(dāng)在貨物報(bào)關(guān)出口之日（以出口貨物報(bào)關(guān)單〈出口退稅專用〉上注明的出口日期為準(zhǔn)，下同）起90日內(nèi)，向退稅部門申報(bào)辦理出口貨物退（免）稅手續(xù)。生產(chǎn)企業(yè)出口貨物未在報(bào)關(guān)出口90日內(nèi)提供出口報(bào)關(guān)單申報(bào)辦理退（免）稅手續(xù)的，如果其到期之日超過了當(dāng)月的免抵退稅申報(bào)期，稅務(wù)機(jī)關(guān)可暫不按視同內(nèi)銷貨物予以征稅。生產(chǎn)企業(yè)有特殊困難不能按期辦理出口退（免）稅申報(bào)的，可在規(guī)定的申報(bào)期限內(nèi)，可提出書面合理理由，經(jīng)地市以上（含地市）稅務(wù)機(jī)關(guān)核準(zhǔn)后，在核準(zhǔn)的期限內(nèi)申報(bào)辦理退（免）稅。
應(yīng)稅服務(wù)提供者應(yīng)于收入之日次月起至次年4月30日前的各增值稅納稅申報(bào)期內(nèi)收齊有關(guān)憑證，向主管稅務(wù)機(jī)關(guān)如實(shí)申報(bào)免抵退稅。
十一、每月免抵退稅申報(bào)期限不同
生產(chǎn)企業(yè)在貨物出口并按會(huì)計(jì)制度的規(guī)定在財(cái)務(wù)上做銷售后，先向主管征稅機(jī)關(guān)的征稅部門或崗位辦理增值稅納稅和免抵退稅申報(bào)，并向主管征稅機(jī)關(guān)的退稅部門或崗位辦理退稅申報(bào)。退稅申報(bào)期為每月1—15日（逢節(jié)假日順延）
應(yīng)稅服務(wù)提供者在提供零稅率應(yīng)稅服務(wù)，并在財(cái)務(wù)作銷售收入次月（按季度進(jìn)行增值稅納稅申報(bào)的為次季度，下同）的增值稅納稅申報(bào)期內(nèi)，向主管稅務(wù)機(jī)關(guān)辦理增值稅納稅和免抵退稅相關(guān)申報(bào)。
十二、免抵退稅申報(bào)資料不同
（一）生產(chǎn)企業(yè)向征稅機(jī)關(guān)的退稅部門或崗位辦理“免、抵、退”稅申報(bào)時(shí)，應(yīng)提供下列憑證資料：
1、《生產(chǎn)企業(yè)出口貨物免、抵、退稅申報(bào)匯總表》；
2、《生產(chǎn)企業(yè)出口貨物免、抵、退稅申報(bào)明細(xì)表》；
3、經(jīng)征稅部門審核簽章的當(dāng)期《增值稅納稅申報(bào)表》；
4、有進(jìn)料加工業(yè)務(wù)的還應(yīng)填報(bào)：
（1）《生產(chǎn)企業(yè)進(jìn)料加工登記申報(bào)表》；
（2）生產(chǎn)企業(yè)進(jìn)料加工進(jìn)口料件申報(bào)明細(xì)表》；
（3）《生產(chǎn)企業(yè)進(jìn)料加工海關(guān)登記手冊(cè)核銷申請(qǐng)表》；
（4）《生產(chǎn)企業(yè)進(jìn)料加工貿(mào)易免稅證明》；
5、裝訂成冊(cè)的報(bào)表及原始憑證：
⑴《生產(chǎn)企業(yè)出口貨物免、抵、退稅申報(bào)明細(xì)表》；
⑵與進(jìn)料加工業(yè)務(wù)有關(guān)的報(bào)表；
⑶加蓋海關(guān)驗(yàn)訖章的出口貨物報(bào)關(guān)單（出口退稅專用）；
⑷經(jīng)外匯管理部門簽章的出口收匯核銷單（出口退稅專用）或有關(guān)部門出具的遠(yuǎn)期收匯證明；
⑸代理出口貨物證明；
⑹企業(yè)簽章的出口發(fā)票；
⑺主管退稅部門要求提供的其他資料。
（二）提供國(guó)際運(yùn)輸?shù)牧愣惵蕬?yīng)稅服務(wù)提供者辦理增值稅免抵退稅申報(bào)時(shí)，應(yīng)提供下列憑證資料：
⒈《免抵退稅申報(bào)匯總表》及其附表；
⒉《零稅率應(yīng)稅服務(wù)（國(guó)際運(yùn)輸）免抵退稅申報(bào)明細(xì)表》；
⒊當(dāng)期《增值稅納稅申報(bào)表》；
⒋免抵退稅正式申報(bào)電子數(shù)據(jù)；
⒌下列原始憑證：
⑴零稅率應(yīng)稅服務(wù)的載貨、載客艙單（或其他能夠反映收入原始構(gòu)成的單據(jù)憑證）；
⑵提供零稅率應(yīng)稅服務(wù)的發(fā)票；
⑶主管稅務(wù)機(jī)關(guān)要求提供的其他憑證；
上述第⑴、⑵項(xiàng)原始憑證，經(jīng)主管稅務(wù)機(jī)關(guān)批準(zhǔn)，可留存零稅率應(yīng)稅服務(wù)提供者備查。
（三）對(duì)外提供研發(fā)、設(shè)計(jì)服務(wù)的零稅率應(yīng)稅服務(wù)提供者辦理增值稅免抵退稅申報(bào)時(shí)，應(yīng)提供下列憑證資料：
⒈《免抵退稅申報(bào)匯總表》及其附表；
⒉《應(yīng)稅服務(wù)（研發(fā)、設(shè)計(jì)服務(wù)）免抵退稅申報(bào)明細(xì)表》；
⒊當(dāng)期《增值稅納稅申報(bào)表》；
⒋免抵退稅正式申報(bào)電子數(shù)據(jù)；
⒌下列原始憑證：
⑴與零稅率應(yīng)稅服務(wù)收入相對(duì)應(yīng)的《技術(shù)出口合同登記證》復(fù)印件；
⑵與境外單位簽訂的研發(fā)、設(shè)計(jì)合同；
⑶提供零稅率應(yīng)稅服務(wù)的發(fā)票；
⑷《向境外單位提供研發(fā)、設(shè)計(jì)服務(wù)收訖營(yíng)業(yè)款明細(xì)清單》；
⑸從與簽訂研發(fā)、設(shè)計(jì)合同的境外單位取得收入的收款憑證；
⑹主管稅務(wù)機(jī)關(guān)要求提供的其他憑證。
十三、免抵退稅申報(bào)流程不同
生產(chǎn)企業(yè)出口貨物應(yīng)當(dāng)先辦理免抵退稅預(yù)申報(bào)，主要查詢計(jì)算免抵退稅額的相關(guān)信息，辦理免抵退稅預(yù)申報(bào)后再辦理增值稅納稅申報(bào)，在此基礎(chǔ)上最后辦理免抵退稅的正式申報(bào)。
由于應(yīng)稅服務(wù)計(jì)算免抵退稅額，不需要出口報(bào)關(guān)單和出口收匯核銷單等相關(guān)電子信息，因而也就不需要辦理免抵退稅預(yù)申報(bào)，應(yīng)稅服務(wù)提供者可以同時(shí)向主管稅務(wù)機(jī)關(guān)辦理增值稅納稅和免抵退稅相關(guān)申報(bào)。
十四、主管稅務(wù)機(jī)關(guān)審核辦理免抵退稅不同
（一）生產(chǎn)企業(yè)出口免抵退稅審核
生產(chǎn)企業(yè)出口貨物免抵退稅，主管稅務(wù)機(jī)關(guān)應(yīng)當(dāng)依照《國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)<出口貨物退（免）稅管理辦法（試行）>的通知》（國(guó)稅發(fā)[2005]51號(hào)）規(guī)定進(jìn)行審核，即在人工單證審核的基礎(chǔ)上還需進(jìn)行計(jì)算機(jī)審核。
人工單證審核是指稅務(wù)機(jī)關(guān)受理出口商出口貨物退（免）稅申報(bào)后，應(yīng)在規(guī)定的時(shí)間內(nèi)，對(duì)申報(bào)憑證、資料的合法性、準(zhǔn)確性進(jìn)行審查，并核實(shí)申報(bào)數(shù)據(jù)之間的邏輯對(duì)應(yīng)關(guān)系。計(jì)算機(jī)審核是指在對(duì)申報(bào)的出口貨物退（免）稅憑證、資料進(jìn)行人工審核后，稅務(wù)機(jī)關(guān)應(yīng)當(dāng)使用出口貨物退（免）稅電子化管理系統(tǒng)進(jìn)行計(jì)算機(jī)審核，將出口商申報(bào)出口貨物退（免）稅提供的電子數(shù)據(jù)、憑證、資料與國(guó)家稅務(wù)總局及有關(guān)部門傳遞的出口貨物報(bào)關(guān)單、出口收匯核銷單、代理出口證明、增值稅專用發(fā)票、消費(fèi)稅稅收（出口貨物專用）繳款書等電子信息進(jìn)行核對(duì)。
生產(chǎn)企業(yè)出口貨物免抵退稅，經(jīng)稅務(wù)機(jī)關(guān)審核審批通過，應(yīng)當(dāng)依照規(guī)定辦理免抵退稅。
（二）應(yīng)稅服務(wù)免抵退稅審核
主管稅務(wù)機(jī)關(guān)在接受零稅率應(yīng)稅服務(wù)提供者免抵退稅申報(bào)后，應(yīng)在下列內(nèi)容人工審核無誤后，使用出口退稅審核系統(tǒng)進(jìn)行審核。在審核中如有疑問的，可抽取企業(yè)進(jìn)項(xiàng)增值稅發(fā)票進(jìn)行發(fā)函調(diào)查或核查。
1、對(duì)于提供國(guó)際運(yùn)輸?shù)牧愣惵蕬?yīng)稅服務(wù)提供者，主管稅務(wù)機(jī)關(guān)可從零稅率應(yīng)稅服務(wù)提供者申報(bào)中抽取若干申報(bào)記錄審核以下內(nèi)容：
（1）所申報(bào)的國(guó)際運(yùn)輸服務(wù)是否符合國(guó)家稅務(wù)總局公告2012年第13號(hào)第一條規(guī)定；
（2）所抽取申報(bào)記錄申報(bào)應(yīng)稅服務(wù)收入是否小于等于該申報(bào)記錄所對(duì)應(yīng)的載貨或載客艙單上記載的國(guó)際運(yùn)輸服務(wù)收入。
2、對(duì)于提供研發(fā)、設(shè)計(jì)服務(wù)的零稅率應(yīng)稅服務(wù)提供者審核以下內(nèi)容：
（1）企業(yè)所申報(bào)的研發(fā)、設(shè)計(jì)服務(wù)是否符合國(guó)家稅務(wù)總局公告2012年第13號(hào)第一條規(guī)定；
（2）研發(fā)、設(shè)計(jì)合同簽訂的對(duì)方是否為境外單位；
（3）應(yīng)稅服務(wù)收入的支付方是否為與之簽訂研發(fā)、設(shè)計(jì)合同的境外單位；
（4）申報(bào)應(yīng)稅服務(wù)收入是否小于等于從與之簽訂研發(fā)、設(shè)計(jì)合同的境外單位的取得的收款金額。
3、對(duì)應(yīng)稅服務(wù)提供者按國(guó)家稅務(wù)總局公告2012年第13號(hào)第七條規(guī)定提供的憑證資料齊全的，主管稅務(wù)機(jī)關(guān)在經(jīng)過出口退稅審核系統(tǒng)審核通過后，辦理退稅，退稅資金由中央金庫統(tǒng)一支付。
十五、新發(fā)生業(yè)務(wù)免抵退稅的管理不同
（一）生產(chǎn)企業(yè)
新發(fā)生出口業(yè)務(wù)的生產(chǎn)企業(yè)是指自發(fā)生首筆出口業(yè)務(wù)之日起未滿12個(gè)月的生產(chǎn)企業(yè)。
根據(jù)國(guó)稅發(fā)[2003]139號(hào)規(guī)定，注冊(cè)開業(yè)時(shí)間在一年以上的新發(fā)生出口業(yè)務(wù)的企業(yè)（小型出口企業(yè)除外），經(jīng)地市稅務(wù)機(jī)關(guān)核實(shí)確有生產(chǎn)能力并無偷稅行為及走私、逃套匯等違法行為的，可實(shí)行統(tǒng)一的按月計(jì)算辦理免、抵、退稅的辦法。
根據(jù)國(guó)稅發(fā)[2003]139號(hào)文規(guī)定，新成立的內(nèi)外銷，銷售額之和超過500萬元（含）人民幣，且外銷銷售額占其全部銷售額的比例超過50%（含）的生產(chǎn)企業(yè)，如在自成立之日起12個(gè)月內(nèi)不辦理退稅確有困難的，在從嚴(yán)掌握的基礎(chǔ)上，經(jīng)省、自治區(qū)、直轄市國(guó)家稅務(wù)局批準(zhǔn)，可實(shí)行統(tǒng)一的按月計(jì)算辦理免、抵、退稅的辦法。
根據(jù)財(cái)稅[2002]7號(hào)文規(guī)定，除上述兩種情形以外的其他新發(fā)生出口業(yè)務(wù)的企業(yè)發(fā)生的應(yīng)退稅額，退稅審核期為12個(gè)月。根據(jù)國(guó)稅發(fā)[2006]102號(hào)文規(guī)定，自2006年7月1日（以出口貨物報(bào)關(guān)單上的出口日期為準(zhǔn)）起，退稅審核期為12個(gè)月的新發(fā)生出口業(yè)務(wù)的生產(chǎn)企業(yè)，在審核期間出口的貨物，應(yīng)按統(tǒng)一的按月計(jì)算免、抵、退稅的辦法分別計(jì)算免抵稅額和應(yīng)退稅額。稅務(wù)機(jī)關(guān)對(duì)審核無誤的免抵稅額可按現(xiàn)行規(guī)定辦理調(diào)庫手續(xù)，對(duì)審核無誤的應(yīng)退稅額暫不辦理退庫；可在退稅審核期滿后的當(dāng)月對(duì)上述各月審核無誤的應(yīng)退稅額一次性退給企業(yè)。
（二）應(yīng)稅服務(wù)
新發(fā)生應(yīng)稅服務(wù)的零稅率應(yīng)稅服務(wù)提供者（以下簡(jiǎn)稱新零稅率應(yīng)稅服務(wù)提供者），自發(fā)生首筆零稅率應(yīng)稅服務(wù)之日（國(guó)際運(yùn)輸企業(yè)以提單載明的日期為準(zhǔn)，對(duì)外提供研發(fā)、設(shè)計(jì)服務(wù)企業(yè)以收款憑證載明日期的月份為準(zhǔn)）起6個(gè)月內(nèi)提供的零稅率應(yīng)稅服務(wù)，按月分別計(jì)算免抵稅額和應(yīng)退稅額。稅務(wù)機(jī)關(guān)對(duì)6個(gè)月內(nèi)各月審核無誤的應(yīng)退稅額在當(dāng)月暫不辦理退庫，在第7個(gè)月將各月累計(jì)審核無誤的應(yīng)退稅額一次性辦理退庫。自第7個(gè)月起，新零稅率應(yīng)稅服務(wù)提供者提供的零稅率應(yīng)稅服務(wù)，實(shí)行按月申報(bào)辦理免抵退稅。
新零稅率應(yīng)稅服務(wù)提供者是指，在營(yíng)業(yè)稅改征增值稅試點(diǎn)以前，未發(fā)生過國(guó)家稅務(wù)總局公告2012年第13號(hào)第一條所列的零稅率應(yīng)稅服務(wù)的零稅率應(yīng)稅服務(wù)提供者。零稅率應(yīng)稅服務(wù)提供者在辦理出口退（免）稅認(rèn)定時(shí)，應(yīng)向主管稅務(wù)機(jī)關(guān)提供證明在營(yíng)業(yè)稅改征增值稅試點(diǎn)以前發(fā)生過零稅率應(yīng)稅服務(wù)的資料，不能提供的，主管稅務(wù)機(jī)關(guān)認(rèn)定為新零稅率應(yīng)稅服務(wù)提供者。
