值得注意的是，如果行為人的此類(lèi)行為在施行日以前就曾發(fā)生，又跨越施行日延續(xù)或持續(xù)實(shí)施這些行為的，在作出的處罰告知和行政處罰決定中，稅務(wù)機(jī)關(guān)只需列舉施行日以后發(fā)生的違法行為，依法給予處罰即可，不必涉及以前的行為，以免被誤認(rèn)為在以新法追溯以往的行為，而招致不必要的行政復(fù)議、行政訴訟。
原辦法有處罰規(guī)定，而新辦法沒(méi)有設(shè)立處罰規(guī)定的一般情形
法律通過(guò)評(píng)價(jià)和懲處功能，實(shí)現(xiàn)立法目的。隨著社會(huì)的發(fā)展、變化，其評(píng)價(jià)標(biāo)準(zhǔn)也在不斷改變，原來(lái)認(rèn)為具有社會(huì)危害性的行為，現(xiàn)在認(rèn)為不具有社會(huì)危害性，在法律上的表現(xiàn)就是國(guó)家對(duì)法律的修改。修改后的法律對(duì)這類(lèi)行為做出了沒(méi)有社會(huì)危害性的評(píng)價(jià)，并相應(yīng)取消對(duì)這種行為的懲罰時(shí)，就應(yīng)適用新的法律，對(duì)這種行為重新進(jìn)行評(píng)價(jià)并相應(yīng)的調(diào)整懲罰。
我國(guó)刑法第十二條規(guī)定，本法施行以前的行為，如果當(dāng)時(shí)的法律不認(rèn)為是犯罪的，適用當(dāng)時(shí)的法律；如果當(dāng)時(shí)的法律認(rèn)為是犯罪，依照本法規(guī)定應(yīng)當(dāng)追訴的，按照當(dāng)時(shí)的法律追究刑事責(zé)任，但是如果本法不認(rèn)為是犯罪或者處刑較輕的，適用本法。
《最高人民法院關(guān)于審理行政案件適用法律規(guī)范問(wèn)題的座談會(huì)紀(jì)要》（法[2004]96號(hào)）對(duì)行政機(jī)關(guān)處理行政相對(duì)人發(fā)生在新法施行以前的行為，既規(guī)定了應(yīng)當(dāng)實(shí)體從舊、程序從新，又作了適用新法對(duì)保護(hù)行政相對(duì)人的合法權(quán)益更為有利的應(yīng)適用新法的規(guī)定。
從法理分析，從舊兼從輕原則是我國(guó)處理各種法律問(wèn)題的一項(xiàng)基本原則，除了刑法適用外，在行政管理和行政處罰涉及的法律問(wèn)題，也都應(yīng)當(dāng)適用從舊兼從輕原則。通過(guò)對(duì)國(guó)家公權(quán)力的限制和有利于行為人的法律適用，得以實(shí)現(xiàn)對(duì)行政相對(duì)人的人權(quán)及其他合法利益的保障。
例如，原辦法第三十六條及細(xì)則相關(guān)條款將“未按規(guī)定設(shè)置發(fā)票登記簿”和“未按規(guī)定建立發(fā)票保管制度”分別列入未按規(guī)定開(kāi)具發(fā)票、未按規(guī)定保管發(fā)票的行為，規(guī)定可處以1萬(wàn)元以下的罰款，但新辦法取消了對(duì)這些行為的處罰規(guī)定。
對(duì)于此類(lèi)原辦法有處罰規(guī)定，而新辦法不認(rèn)為是違法，沒(méi)有設(shè)立處罰規(guī)定且其他稅收法律法規(guī)也沒(méi)有相關(guān)處罰規(guī)定的行為，根據(jù)法理以及上述規(guī)定，適用新辦法更有利于保護(hù)稅務(wù)行政相對(duì)人的合法權(quán)益，對(duì)這類(lèi)行為不應(yīng)追溯處罰。
原辦法有處罰規(guī)定，而新辦法沒(méi)有設(shè)立處罰規(guī)定的特殊情形
雖然新辦法刪除了原辦法中對(duì)某些行為的處罰規(guī)定，但并不表示這些行為就全部不是違法行為，不需處罰了，而是因?yàn)閷?duì)某些行為的處罰規(guī)定與稅收征管法中的處罰規(guī)定相同而沒(méi)必要再作重復(fù)規(guī)定。
如，稅收征管法第七十條對(duì)“納稅人、扣繳義務(wù)人逃避、拒絕或者以其他方式阻撓稅務(wù)機(jī)關(guān)檢查的”行為有處罰規(guī)定，而原辦法第三十六條對(duì)“未按照規(guī)定接受稅務(wù)機(jī)關(guān)檢查的”行為所設(shè)立的處罰已包含在稅收征管法第七十條的處罰中，因此在新辦法中，取消了對(duì)該行為的處罰。對(duì)于在發(fā)票管理事務(wù)中，不接受稅務(wù)機(jī)關(guān)檢查的，如果違法行為發(fā)生在施行日以前的，仍按原辦法第三十六條的規(guī)定進(jìn)行處罰；對(duì)于施行日以后發(fā)生的此類(lèi)違法行為，就應(yīng)依照稅收征管法第七十條的規(guī)定進(jìn)行處罰。
在檢查實(shí)務(wù)中，遇到在新辦法中找不到處罰規(guī)定的行為，不能簡(jiǎn)單地以為不是違法行為而不需處罰，還應(yīng)查看稅收征管法等相關(guān)法律法規(guī)是否有處罰規(guī)定。
對(duì)新辦法施行之前開(kāi)始發(fā)生，延續(xù)或持續(xù)到新辦法施行之后的發(fā)票違法行為如何處罰
首先要根據(jù)原辦法和新辦法的規(guī)定，分別判斷該行為在兩個(gè)時(shí)段是否均已構(gòu)成發(fā)票違法行為。對(duì)跨越施行日前后，違法行為性質(zhì)、種類(lèi)都相同的發(fā)票違法行為，應(yīng)視最高處罰額度的異同分別給予處罰：
（一）原辦法和新辦法最高處罰額度相同的。例如對(duì)“應(yīng)開(kāi)具而未開(kāi)具發(fā)票的”行為，都規(guī)定可處以1萬(wàn)元以下的罰款。對(duì)于這類(lèi)違法行為，即使是在施行日前后延續(xù)或持續(xù)發(fā)生，也不能按原辦法和新辦法分別處以?xún)纱瘟P款，而只能視為一次違法行為，處以1萬(wàn)元以下的罰款，但可以在最高額度內(nèi)從重處罰。
（二）新辦法最高處罰額度高于原辦法的。原辦法對(duì)代開(kāi)、轉(zhuǎn)借、轉(zhuǎn)讓發(fā)票的行為均規(guī)定可處以1萬(wàn)元以下罰款。而新辦法對(duì)非法代開(kāi)及轉(zhuǎn)借、轉(zhuǎn)讓發(fā)票的行為，均規(guī)定分別處以5萬(wàn)元以下或5萬(wàn)元以上50萬(wàn)元以下的罰款。對(duì)于這類(lèi)性質(zhì)、種類(lèi)相同，但最高處罰額度不同的違法行為，也不應(yīng)分為兩段處罰，而應(yīng)將施行日前后發(fā)生的數(shù)次行為，合并為一次違法行為，按新辦法規(guī)定的罰款額度進(jìn)行處罰。
稅務(wù)行政執(zhí)法中，應(yīng)遵循不溯及既往和從舊兼從輕的總原則，來(lái)適用新舊處罰規(guī)定
立法法第八十四條規(guī)定，法律、行政法規(guī)、地方性法規(guī)、自治條例和單行條例、規(guī)章不溯及既往，但為了更好地保護(hù)公民、法人和其他組織的權(quán)利和利益而作的特別規(guī)定除外。
最高人民法院印發(fā)的《關(guān)于審理行政案件適用法律規(guī)范問(wèn)題的座談會(huì)紀(jì)要》第三條“關(guān)于新舊法律規(guī)范的適用規(guī)則”規(guī)定為，根據(jù)行政審判中的普遍認(rèn)識(shí)和做法，行政相對(duì)人的行為發(fā)生在新法施行以前，具體行政行為作出在新法施行以后，人民法院審查具體行政行為的合法性時(shí)，實(shí)體問(wèn)題適用舊法規(guī)定，程序問(wèn)題適用新法規(guī)定，但下列情形除外：（一）法律、法規(guī)或規(guī)章另有規(guī)定的；（二）適用新法對(duì)保護(hù)行政相對(duì)人的合法權(quán)益更為有利的；（三）按照具體行政行為的性質(zhì)應(yīng)當(dāng)適用新法的實(shí)體規(guī)定的。
雖然現(xiàn)在對(duì)于稅務(wù)行政執(zhí)法中的新舊法規(guī)處罰規(guī)定的銜接問(wèn)題尚無(wú)明確界定，但上述規(guī)定應(yīng)作為處理新辦法施行日前后發(fā)生的發(fā)票違法行為的法律法規(guī)適用總原則。
在處理發(fā)票違法案件適用實(shí)體法時(shí)，要以維護(hù)當(dāng)事人合法權(quán)益為宗旨，為了更好地保護(hù)公民、法人和其他組織的權(quán)利和利益，應(yīng)遵循不溯及既往和從舊兼從輕的原則，不能用已廢止的處罰規(guī)定，對(duì)發(fā)生在施行日以后的行為進(jìn)行于法無(wú)據(jù)的處罰，更不能以新處罰規(guī)定，對(duì)以往的行為進(jìn)行追溯處罰，對(duì)于當(dāng)時(shí)是違法行為，但新法取消了處罰規(guī)定的，不應(yīng)再作追究。
