按照上述文件規(guī)定，納稅人未在規(guī)定期限內(nèi)認證申報抵扣進項稅的，其進項稅額不得抵扣?？紤]到實際執(zhí)行中的特殊問題，國家稅務總局規(guī)定有兩種情況可以繼續(xù)抵扣進項稅額，應引起納稅人的注意。
第一、增值稅扣稅憑證已認證或已采集上報信息，但未按照規(guī)定期限申報抵扣的，根據(jù)《國家稅務總局關于未按期申報抵扣增值稅扣稅憑證有關問題的公告》（國家稅務總局公告2011年第78號）規(guī)定，增值稅一般納稅人取得的增值稅扣稅憑證已認證或已采集上報信息但未按照規(guī)定期限申報抵扣；實行納稅輔導期管理的增值稅一般納稅人以及實行海關進口增值稅專用繳款書“先比對后抵扣”管理辦法的增值稅一般納稅人，取得的增值稅扣稅憑證稽核比對結(jié)果相符但未按規(guī)定期限申報抵扣，屬于發(fā)生真實交易且屬客觀原因的，經(jīng)主管稅務機關審核，允許納稅人繼續(xù)申報抵扣其進項稅額。
客觀原因包括如下類型：
1.因自然災害、社會突發(fā)事件等不可抗力原因造成增值稅扣稅憑證未按期申報抵扣；
2.有關司法、行政機關在辦理業(yè)務或者檢查中，扣押、封存納稅人賬簿資料，導致納稅人未能按期辦理申報手續(xù)；
3.稅務機關信息系統(tǒng)、網(wǎng)絡故障，導致納稅人未能及時取得認證結(jié)果通知書或稽核結(jié)果通知書，未能及時辦理申報抵扣；
4.由于企業(yè)辦稅人員傷亡、突發(fā)危重疾病或者擅自離職，未能辦理交接手續(xù)，導致未能按期申報抵扣；
5.國家稅務總局規(guī)定的其他情形。
第二，增值稅扣稅憑證未認證或未采集上報信息，且逾期即超期申報扣稅憑證的，根據(jù)《國家稅務總局關于逾期增值稅扣稅憑證抵扣問題的公告》（國家稅務總局公告2011年第50號）規(guī)定，增值稅一般納稅人發(fā)生真實交易但由于客觀原因造成增值稅扣稅憑證逾期的，經(jīng)主管稅務機關審核、逐級上報，由國家稅務總局認證、稽核比對后，對比對相符的增值稅扣稅憑證，允許納稅人繼續(xù)抵扣其進項稅額。
上述所說客觀原因如下：
1.因自然災害、社會突發(fā)事件等不可抗力因素造成增值稅扣稅憑證逾期；
2.增值稅扣稅憑證被盜、搶，或者因郵寄丟失、誤遞導致逾期；
3.有關司法、行政機關在辦理業(yè)務或者檢查中，扣押增值稅扣稅憑證，納稅人不能正常履行申報義務，或者稅務機關信息系統(tǒng)、網(wǎng)絡故障，未能及時處理納稅人網(wǎng)上認證數(shù)據(jù)等導致增值稅扣稅憑證逾期；
4.買賣雙方因經(jīng)濟糾紛，未能及時傳遞增值稅扣稅憑證，或者納稅人變更納稅地點，注銷舊戶和重新辦理稅務登記的時間過長，導致增值稅扣稅憑證逾期；
5.由于企業(yè)辦稅人員傷亡、突發(fā)危重疾病或者擅自離職，未能辦理交接手續(xù)，導致增值稅扣稅憑證逾期；
6.國家稅務總局規(guī)定的其他情形。
