國家發(fā)展改革委員會(huì)等部門2007年度第6號(hào)公告)進(jìn)行核對(duì)，并以《企業(yè)研發(fā)項(xiàng)目登記信息告知書》形式，將研發(fā)項(xiàng)目登記號(hào)告知企業(yè)。
主管稅務(wù)機(jī)關(guān)核對(duì)時(shí)，對(duì)企業(yè)研發(fā)項(xiàng)目有異議的，應(yīng)按照《試行辦法》第十三條規(guī)定，要求企業(yè)提供政府科技部門的鑒定意見書，同時(shí)，將該項(xiàng)目的信息上報(bào)市局。
企業(yè)在辦理企業(yè)所得稅匯算清繳時(shí)，應(yīng)按《情況表》的項(xiàng)目分類，將實(shí)際發(fā)生的《試行辦法》第四條規(guī)定的研發(fā)費(fèi)用金額，填入《企業(yè)所得稅年度納稅申報(bào)表》附表五(1)《研發(fā)項(xiàng)目可加計(jì)扣除研究開發(fā)費(fèi)情況歸集表》中，并計(jì)算加計(jì)扣除金額。
二、本市企業(yè)集團(tuán)集中進(jìn)行的研發(fā)項(xiàng)目，由企業(yè)集團(tuán)報(bào)送《情況表》其主管稅務(wù)機(jī)關(guān)予以受理，并按規(guī)定對(duì)項(xiàng)目屬性和項(xiàng)目實(shí)際發(fā)生的研發(fā)費(fèi)用分?jǐn)偡椒ㄟM(jìn)行復(fù)核，最終將復(fù)核結(jié)果告知本市參與項(xiàng)目研發(fā)集團(tuán)各成員公司的主管稅務(wù)機(jī)關(guān)。
《試行辦法》第十九條規(guī)定的稅企雙方對(duì)企業(yè)集團(tuán)集中研究開發(fā)費(fèi)的分?jǐn)偡椒ê徒痤~有爭(zhēng)議的，如企業(yè)集團(tuán)各成員公司皆在本市的，由本市相關(guān)主管稅務(wù)機(jī)關(guān)報(bào)市局協(xié)調(diào)解決，稅企雙方按照市國家稅務(wù)局、市地方稅務(wù)局的意見扣除實(shí)際分?jǐn)偟难芯块_發(fā)費(fèi)；如企業(yè)集團(tuán)成員公司分設(shè)在不同省、自治區(qū)、直轄市和計(jì)劃單列市的，由本市相關(guān)主管稅務(wù)機(jī)關(guān)報(bào)市局轉(zhuǎn)呈國家稅務(wù)總局研究解決，稅企雙方按照國家稅務(wù)總局的最終意見扣除實(shí)際分?jǐn)偟难芯块_發(fā)費(fèi)。
四、除實(shí)行總機(jī)構(gòu)匯總納稅辦法的企業(yè)和上年度應(yīng)納稅所得額小于零或享受整體減免稅的企業(yè)外，對(duì)上年度按照《試行辦法》規(guī)定，實(shí)際享受企業(yè)研發(fā)費(fèi)加計(jì)扣除優(yōu)惠政策的居民企業(yè)，根據(jù)《國家稅務(wù)總局關(guān)于加強(qiáng)企業(yè)所得稅預(yù)繳工作的通知》（國稅函[2009]34號(hào)）規(guī)定，按實(shí)際利潤額預(yù)繳當(dāng)年企業(yè)所得稅確有困難的，經(jīng)稅務(wù)機(jī)關(guān)審核批準(zhǔn)，可按上年度應(yīng)納稅所得額的季度平均額預(yù)繳當(dāng)年企業(yè)所得稅。企業(yè)可在每年的3月10日之前，向其主管稅務(wù)機(jī)關(guān)提出書面申請(qǐng)，并填報(bào)申請(qǐng)表（附后）。預(yù)繳方式一經(jīng)確定，一個(gè)納稅年度內(nèi)不得變更。
五、各主管稅務(wù)機(jī)關(guān)應(yīng)做好企業(yè)研發(fā)費(fèi)加計(jì)扣除稅收優(yōu)惠政策的宣傳、輔導(dǎo)、提供咨詢等服務(wù)工作，在服務(wù)大廳電子顯示屏、電子觸摸屏和網(wǎng)站公示相關(guān)政策和操作規(guī)程。
六、各主管稅務(wù)機(jī)關(guān)應(yīng)按照《試行辦法》和本市實(shí)施意見組織全面落實(shí)。每月終了后十日內(nèi)，向市局報(bào)送研發(fā)項(xiàng)目資料匯總表；每年6月底前，向市局報(bào)送企業(yè)研發(fā)項(xiàng)目加計(jì)扣除情況匯總表、《關(guān)于企業(yè)研發(fā)費(fèi)稅前扣除有關(guān)事宜的通知》回復(fù)情況表和政策執(zhí)行情況的書面報(bào)告。市局將加強(qiáng)對(duì)各單位落實(shí)政策情況進(jìn)行跟蹤檢查和考核。
附件:
1.《上海市企業(yè)研發(fā)項(xiàng)目情況表》（自主開發(fā)類）；
2.《上海市企業(yè)研發(fā)項(xiàng)目情況表》（委托開發(fā)類）；
3.《上海市企業(yè)研發(fā)項(xiàng)目情況表》（合作開發(fā)類）；
4.《上海市企業(yè)研發(fā)項(xiàng)目情況表》（集中開發(fā)類）；
5.《按上年度應(yīng)納稅所得額季度平均額預(yù)繳企業(yè)所得稅申請(qǐng)表》
